ペットボトルに入った飲料物を持ち込む場合、保安検査時にカバンから出して液体物検査装置での検査が必要です。
まだ飲んでなくて未開栓のペットボトルの場合は、開栓していないことだけの確認ですむようです。
密封パックや缶入りの飲料物、ビンに入った液体物は、X線検査機の検査員が不審物と判断しなければ、カバンに入ったままで出さなくても大丈夫なようです。
化粧水が入ったビンやボトル類も同じです。

水筒は中身の確認をされますので、検査前にカバンから出しておきましょう。
水筒は検査員が中身を目視確認したり匂いを嗅いだりします。
国際線では水筒をそのまま持ち込むのは不可能ですが、国内線においては規制に触れるものでなければ特に問題無く持ち込めます。

その他にも医薬品類や食品類、日用品類などの液体物は、検査員が不審に思わなければカバンに入ったままでも検査は通るようです。（危険品は除きます。）
ただしカバンから出して見せるよう指示される可能性はありますので、そのときは素直に協力しましょう。

以上は平常時の保安体制での検査です。
テロや犯罪の発生状況、また政治情勢などにより警戒レベルが引き上げられると、平常時の検査より検査内容が厳しくなります。

国内線での規制はさほど厳しくありませんが、国際線では液体物を機内へ持ち込むには非常に厳しい規制があります。

日本を出発する国際線においては、「国際民間航空条約」の締約国に対して通知されたガイドラインを元に液体物が制限されています。

海外で利用する飛行機の場合は国際民間航空条約の締約国かどうか、もしくは外国当局がどのような規制を設定しているかで対応が違います。事前にご利用航空会社へお問い合わせください。
国際線における液体物の制限は、保安検査場を通過した後にターミナルの売店や免税店で購入した物には適用されません。そのまま機内へ持ち込めます。

特に注意が必要なのは国際線を乗り継ぐ場合です。飛行機の乗り継ぎのために保安検査を再度受ける場合、前便の保安検査後にターミナルで購入した物、並びに機内販売で購入した物は検査の対象になります。
そのために持ち込み規制に合うようにするため、下記のように詰め替えるか、可能であれば貨物室へ預けているスーツケースに入れて預けないと最悪没収される可能性があります。
日本を出発する際もなるべく液体物は預け入れするようにしましょう。

国際線の液体物規制の概要は以下の通りです。

1. 液体物には飲料物のほかに調味料・食品類・化粧品・家庭用品・日用品など、広範囲の物が該当。またジェル類・エアゾール・半液体状物も含む。
2. すべての液体物は100ｍｌ以下の容器に詰め替える。（色・形の指定は特になし。）
3. すべての液体物の容器を１リットル以下のジッパー付き無色透明プラスチック袋にまとめて入れる。
4. 上記の袋は１人１袋までで、トレーに乗せて検査する。
5. 機内で必要な医薬品類、病気のための制限食、ベビーミルクやベビーフードなどは、持ち込みが必要な証拠と共に検査員に申告すれば、そのままの状態で持ち込める。
6. 保安検査後に免税店などで購入した物は機内持込可能。（ただし国際線に乗り継ぎ、再度保安検査をする時は当該国の検査対象になる。）

国土交通省のホームページに具体的な規制対象品目やよくある質問、そのほか規制に関する詳細が公開されています。規制についての説明ビデオもありますので、国際線利用時は下記のリンクよりご参照ください。

＜参考資料＞
＊国土交通省ホームページ：国際線の航空機旅客室内への液体物持込制限について」
＊国土交通省：広報ポスター(PDF）